Kung may contact ka pa sa mga dati mong kasama baka pwede kang makahingi ng notarized affidavit mula sa kahit isa sa kanila detailing the circumstances bakit di ka mabigyan ng CoE. Last resort ay ikaw na mismo mag execute ng affidavit or Stat Dec regarding the matter. I am not sure though kung tatanggapin ito.
I don't think this is much of an issue for AHPRA kasi basic lang naman na 450 hours within the last five years ang required... but for skills assessment for migration siguradong kailangan.
It is always prudent kasi to ask documentations pag nag-resign sa previous work knowing na magagamit at magagamit mo naman ang mga ito sa ibang pagkakataon.